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Simulación y Análisis Computacional en Biología de Sistemas

De Master

Contenido

Los objetivos de esta materia son:

  • Describir distintas aproximaciones para el modelado de procesos biológicos en el marco de la Biología de Sistemas.
  • Presentar los sistemas celulares con membranas como marco para el modelado computacional de procesos biológicos.
  • Aplicaciones al modelado y simulación computacional de sistemas reguladores de genes, rutas señalizadoras (signalling pathways) y comunicación inteligente de bacterias (quorum sensing).

Los contenidos de la materia son:

  • Introducción: Computación Natural. Biología de Sistemas.
  • Aproximaciones para el modelado celular: ecuaciones diferenciales, redes de Petri, sistemas basado en agentes y álgebra de procesos.
  • Los sistemas P como marco para el modelado computacional en Biología de Sistemas.
  • Algoritmo de Gillespie. Extensiones al marco de los sistemas P.
  • Model Checking probabilístico sobre modelos de sistemas P usando PRISM.
  • Sesiones prácticas en el CITIUS (Centro de Investigación, Tecnología e Innovación de la Universidad de Sevilla).
  • Modelado de sistemas reguladores de genes: el Lac Operon.
  • Modelado de rutas señalizadoras: factor de crecimiento EGFR, rutas apoptítcas mediatizadas por FAS.
  • Modelado del quorum sensing en la bacteria Vibrio Fischeri.

Programa de la asignatura

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Pendiente de desarrollo.